Si le contrôle fiscal suivant un contrôle sur pièces n’est pas une surprise dans le cadre du CIR, en revanche le contrôle sur pièces suivant une vérification de comptabilité sur la même année de déclaration est moins connu.
Dans un arrêt du 23/04, la Cour d’Appel de Versailles a jugé régulière l’intervention de l’Administration sur le CIR dans le cadre d’un contrôle sur pièces, post-vérification de comptabilité, et après avoir déjà adressé une première notification de redressement. Le droit de reprise prévue par le législateur n’était pas prescrit.
« Or, les dispositions de l’article … dont se prévaut la société requérante ne font pas obstacle à ce qu’après l’achèvement d’une vérification de comptabilité, le contribuable fasse l’objet de rectifications procédant non d’une nouvelle vérification de comptabilité mais d’un contrôle sur pièces…. En outre, il résulte des termes mêmes des dispositions de l’article L. 45 B du livre des procédures fiscales que l’administration fiscale était en droit d’exercer son pouvoir de contrôle de droit commun sur les déclarations relatives au crédit d’impôt recherche, sans intervention des agents spécialisés du ministère chargé de la recherche »
L’arrêt précise également que les articles L. 51 et L. 45 B du livre des procédures fiscales ne protègent pas le contribuable d’une décision de l’Administration post-contrôle fiscal sur l’éligibilité des projets déclarés. La décision de l’administration, de ne pas faire intervenir d’expert spécialisé du domaine, ne vaut pas privation pour le contribuable d’un débat oral et contradictoire.